TumorBase – eine interdisziplinäre Tumordatenbank für molekulare Krebsforschung

Einleitung: Für jede erfolgreiche Tumorbank, die sich mit Proteom- bzw Transkriptomanalysen von Tumoren befasst, ist die Verfügbarkeit von Patienten- und Tumordaten eine Grundvoraussetzung. Die meisten kommerziellen Datenbanksysteme eignen sich nur bedingt zur Verwaltung von wissenschaftlichen Daten, da diese Datenbanken hauptsächlich zu Zwecken der epidemiologischen und DMP Dokumentation entworfen wurden. Tumorbase wurde, im Gegensatz dazu, speziell zur Verwaltung und Auswertung von Tumorsubtypen und Patiententumordaten geschaffen..

Methode: TumorBase ist eine nach IEEE-Standard entwickelte Webapplikation, die auf dem TWT-Framework ISORIS der Firma TWT basiert. Als Client wird ein Standard-Webbrowser (mindestens Netscape 4.7 oder MS Internet Explorer 5.0) benötigt. Als Server kann jeder Web-Server mit einer Servlet-Engine zum Einsatz kommen. Zur Datenhaltung wird ein Oracle 8i Datenbankserver vorausgesetzt. Innerhalb von TumorBase gibt es ein integriertes Rollen- und Rechtesystem. Die Datenschutzrichtlinien wurden berücksichtigt. Die Datenbank bietet individuelle Recherchefunktionen und ermöglicht den gezielten Datenexport für statistische Auswertungen. Hierfür wurden Log-Files eingerichtet. Momentan beschränkt sich die Tumordatenbank auf Mammakarzinom prinzipiell kann sie aber auf andere Tumorarten erweitert werden. Die Datenbank ermöglicht, als Kombination aus Patiententumordatenbank und Tumorgewebebank, eine flexible Bearbeitung, Auswertung und rasche Beurteilung von Patientendaten und Tumoreigenschaften.

Zusammenfassung: In fast allen klinischen Bereichen kommen inzwischen Datenbanken zum Einsatz, meistens zur Qualitätssicherung und der Patientendokumentation. Trotz aller technischer Innovationen gibt es bislang kaum eine Datenbank, welche auf die Forschung abgestimmt ist. TumorBase ermöglicht das Management von Patienten- und Tumordaten und ist insofern ein key tool für Transkriptom- und Proteom-Analysen.