Geburtshilfe Frauenheilkd 2016; 76 - P107
DOI: 10.1055/s-0036-1592716

NGS basierte Multi-Gen-Panel Analyse zirkulierender Tumorzellen bei Mammakarzinom-Patientinnen

A Franken 1, M Neumann 1, V Endris 2, D Niederacher 1, T Fehm 1, H Neubauer 1
  • 1Klinik für Frauenheilkunde und Geburtshilfe, Medizinische Fakultät der Heinrich-Heine University Düsseldorf, Düsseldorf, Deutschland
  • 2Institut für Pathologie, Universitätsklinikum Heidelberg, Heidelberg, Deutschland

Zirkulierende Tumorzellen (CTCs) sind vermeintliche Vorläufer für eine nachfolgende Metastasierung. Ihre genotypische Untersuchung trägt dazu bei, ihre Biologie besser zu verstehen und optimierte Behandlungsentscheidungen abzuleiten.

Hier sollen Methoden zur Analyse von Sequenzdaten des IonTorrent® AmpliSeq™ Custom Panels (Silicon Biosystems) auf Einzelzellebene getestet werden.

Dazu wurden Einzelzellen der Brustkrebszelllinien (MCF7 und T47D) sowie zuvor mittels CellSearch® aus dem Blut metastasierter Mammakarzinom-Patientinnen angereicherte CTCs mittels CellCelector™ isoliert und die DNA mittels Whole Genome Amplifikation (WGA) (Ampli1, Silicon Biosystems) amplifiziert und mittels IonTorrent® AmpliSeq™ Custom Panel sequenziert. Dieses den Restriktionsstellen der WGA angepasste Panel deckt 1826 in der Cosmic-Datenbank notierte SNPs in 50 Genen ab.

Für 80% bis 97% der Amplikons konnte eine Coverage von > 20 x erzielt werden, die ausreichend ist, um heterozygote Sequenzvarianten auf Einzelzellebene zu erkennen. Es wurden, einschließlich der erwarteten Mutationen E545K und H1047 H des PIK3CA-Gens bei MCF7- bzw. T47D-Zellen, 42 SNPs in 16 Genen nachgewiesen. Die Häufigkeit des mutierten Allels des pik3ca-Gens lag bei MCF7-Zellen zwischen 35% und 76%, bei T47D-Zellen zwischen 85% und 89%. Die untersuchten CTCs einer Patientin wiesen ebenfalls die E545K Mutation des PIK3CA-Gen auf. Zusätzlich zum Nachweis von SNPs ermöglicht das Panel die Analyse von CNVs durch Vergleich der relativen Häufigkeit einzelner Amplikons. Dabei wurden die erwarteten Unterschiede zwischen den beiden betrachteten Zelllinien bezüglich der Gene MYC, ERBB2 und PTEN deutlich. Die Zellen der Mammakarzinom-Patientinnen konnten entsprechend zugeordnet werden.

Die Sequenzierung mit dem IonTorrent® AmpliSeq™ Custom Panel stellt eine geeignete Methode dar, um zukünftig isolierte CTCs in Bezug auf SNPs und CNVs analysieren zu können.