Pneumologie 2016; 70 - P122
DOI: 10.1055/s-0036-1572010

Komparative Transkriptomanalysen zwischen endobronchialer epithelialer lining fluid und bronchoalveolärer Lavage bei idiopathischer Lungenfibrose (IPF)

N Kahn 1, M Granzow 2, M Meister 3, R Eberhardt 1, T Muley 3, E Brunnemer 1, FJF Herth 1, M Kreuter 1
  • 1Pneumologie und Beatmungsmedizin, Thoraxklinik am Universitätsklinikum Heidelberg; Translational Lung Research Center (Tlrc) Heidelberg, Member of the German Center for Lung Research (Dzl)
  • 2Institut für Humangenetik, Universitätsklinikum Heidelberg
  • 3Sektion für Translationale Forschung, Thoraxklinik am Universitätsklinikum Heidelberg; Translational Lung Research Center (Tlrc) Heidelberg, Member of the German Center for Lung Research (Dzl)

Einleitung: Die Gewinnung endobronchialer epithelialer Lining Fluid (EELF) mittels des Bronchoscopic Microsampling (BMS) stellt eine innovative Methode zur Diagnostik bei interstitiellen Lungenerkrankungen (ILD) dar. Ziel dieser Studie war es, Unterschiede des Transkriptoms zwischen bronchoalveolärer Lavage (BAL) und EELF von Patienten mit IPF zu analysieren.

Material und Methoden: EELF wurde mittels BMS von 10 Patienten mit IPF und 4 Patienten mit anderen ILDs gewonnen. Die Extraktion der RNA wurde mittels eines modifizierten Protokolls mit dem AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen) durchgeführt. Die Quantität der Proben wurde mittels eines Spectrophotometers (NanoDrop Technologies) gemessen und die Qualität mit dem Agilent 2100 Bioanalyzer und dem Agilent RNA 6000 Pico Kit bestimmt. Die Transkriptomanalysen wurden mit dem GeneChip® miRNA 3.0 Array und dem Human Transcriptome Array (HTA) 2.0 (beide Affymetrix) durchgeführt.

Ergebnisse: Alle Proben (BAL und BMS) konnten komplikationslos entnommen werden. Die Extraktion von miRNA aus den gewonnenen Proben gelang zuverlässig sowohl bei BAL wie auch bei EELF. Insgesamt konnten 40 Proben den Transkriptionsanalysen zugeführt werden. Die Auswertung der Transkriptionsdaten von BAL und BMS bei IPF zeigten ein signifikant differentielles Expressionsmuster zwischen den verglichenen Biomaterialien. Es gelang zuverlässig sowohl mit miRNA wie auch mit mRNA zwischen EELF und BAL Proben unabhängig von der Diagnose zu unterscheiden. Mit einem Panel von je 12 microRNAs und 12 mRNAs konnte insbesondere zwischen BAL und EELF bei Patienten mit IPF unterschieden werden.

Schlussfolgerungen: In dieser Studie konnte eine signifikant differentielle Expression des Transkriptoms zwischen EELF-Proben und BAL-Proben bei Patienten mit IPF festgestellt werden. Somit kann EELF als zusätzliches Biomaterial für das Screening nach potentiellen Biomarkern bei IPF in Betracht gezogen werden.