Das bililäre Mikrobiom bei hepatobiliären Erkrankungen

Einleitung: Über das Mikrobiom der Galle ist wenig bekannt und nur wenige Studien untersuchen deren mikrobiologisches Spektrum. Ziel dieser Studie war es, das Mikrobiom der Galle und seine Veränderungen bei hepatobilären Erkrankungen zu untersuchen.

Material und Methoden: Bei 58 Patienten mit Indikation zur ERCP wurden Proben der Gallenflüssigkeit konventionell mikrobiologisch untersucht. Die bakterielle DNA wurde extrahiert und die 16S rDNA mittels Primern für die hypervariable Region V3 – V4 amplifiziert. Die Sequenzierung von 300 bp-paired reads erfolgte mit Illumina® MiSeq v3 Reagentien. Die Sequenzdaten der 16S rDNA-Sequenzierung wurden auf die phylogenetische Zusammensetzung des biliären Mikrobioms unter Zuhilfenahme der Greengenes-Datenbank analysiert.

Ergebnisse: Das Patientenkollektiv umfasst Gallenwegskarzinom (24%), Pankreatitis/Choledocholithiasis (je 14%) und unklare Gallenwegsstenosen (9%). 45 von 58 Patienten (77,6%) hatten zuvor eine bililäre Intervention erhalten. In 10 Patienten war die mikrobiologische Analyse negativ, 7 von diesen hatten eine naïve Papille (P < 0,001). Es fanden sich am häufigsten folgende Erreger: Escherichia coli (38%), Enterococcus faecium (29%) oder faecalis (47%). In 19 von 58 Patienten war die DNA-Konzentration über 600 ng/mL, hinweisend auf große Mengen bakterieller DNA. In allen Patienten wurde prokaryotische rDNA nachgewiesen. Die neun häufigsten Sequenzen wiesen auf folgende bakterielle Phyla hin: Pseudomonadales (11,8%), Enterobacteriales (10,0%), Sphingomonadales (8,3%), Burkholderiales (8,1%), Lactobacillales (7,6%), Caulobacterales (6,7%), Alteromonadales (6,3%), Rhizobiales (6,0%) und Clostridiales (5,8%). Es gab keine signifikante Korrelation zwischen den Phyla in der Galle und der Diagnose allgemein (P= 0,803), oder zu Gallenwegskarzinomen (P= 0,664) oder malignen DHC-Stenosen (P= 0,529) im Speziellen.

Schlussfolgerung: Bei Patienten mit Z.n. Gallenwegsinterventionen und wiederholten Cholangitiden können häufig Bakterien in der Gallenflüssigkeit nachgewiesen werden. Die 16 rDNA Sequenzierung zeigte eine höhere Diversität des biliären Mikrobioms auf als die konventionelle Analyse vermuten ließ. Der Einfluss des bililären Mikrobioms auf hepatobiliäre Erkrankungen sollte weiter evaluiert werden.