Senologie - Zeitschrift für Mammadiagnostik und -therapie 2014; 11 - A31
DOI: 10.1055/s-0034-1375390

Etablierung eines NGS-panels (Next Generation Sequencing) für PatientInnen mit Verdacht auf erblichen Brust- und Eierstockkrebs (HBOC)

U Faust 1, K Bosse 1, T Benkert 1, M Heilig 1, S Hertler 1, M Sturm 1, K Grundmann-Hauser 1, HP Nguyen 1, C Schroeder 1, O Riess 1, P Bauer 1
  • 1Institut für Medizinische Genetik und Angewandte Genomik, Tübingen, Deutschland

Zielsetzung: Wir möchten Ergebnisse eines 56 Kandidatengen umfassenden NGS-panels vorstellen, welches mit Brust- und Eierstockkrebs assoziiert ist.

Materialien und Methoden: Wir generierten ein NGS-panel (HaloPlex, Agilent) zur Abklärung von erblichem Brust- und Eierstockkrebs. Das Panel umfasst Hochrisikogene (z.B. BRCA1/2), moderat penetrante Gene (z.B. CHEK2) und möglicherweise Risiko-modifizierende Gene. Für die beauftragten Hauptgene erfolgte eine Interpretation sämtlicher genetischer Varianten. Nach Anreicherung der Zielbereiche wurden die Proben in einem einzigen Sequenzierungsvorgang entsprechend standardisierten Protokollen untersucht (Illumina MiSeq,2 × 150 bp paired-end). Nicht ausreichend analysierte Teilbereiche, sog. „Analyselücken“ wurden durch eine Sanger-Sequenzierung geschlossen sowie mittels MLPA ergänzt.

Ergebnisse: Unsere Auswertung basiert auf 100 Patientinnen mit V.a. HBOC. Es wurden durchschnittlich 87 SNVs (Single nucleotide variants) pro Probe gefunden. Nach stringenten Filterkriterien, wie z.B. Frequenz, VUS > class 2 (variant of unknown significance, Plon et al., 2008) reduzierte sich die Anzahl der SNVs auf 0 – 5 pro Probe. Insgesamt identifizierten wir 15 pathogene BRCA1 und BRCA2 Mutationen. Vier Patientinnen zeigten CHEK2 Mutationen. Darüber hinaus detektierten wir höchstwahrscheinlich pathogene Veränderungen (VUS4) in Genen ursächlich für autosomal rezessiv vererbte Tumorsyndromen wie Nijmegen Breakage Syndrome (NBS), Fanconi-Anämie (FANCA) und Ataxia telangiectasia (AT), welche heterozygot vorlagen.

Zusammenfassung: Unsere Ergebnisse belegen, dass NGS eine schnelle und kosteneffiziente Screeningmethode in Familien mit Verdacht auf erblichen Brustkrebs darstellt.

Literatur: Sharon E. Plon,*,#, Diana M. Eccles,*, Douglas Easton et al.: Sequence variant classification and reporting: recommendations for improving the interpretation of cancer susceptibility genetic test results. Hum Mutat. 2008 November; 29(11): 12