Subtypisierung von Hepatitis C Virus Genotyp 4 Proben – Signifikante Unterschiede zwischen INNO-LiPA und Sequenzierung von NS5B

Einleitung: Bei einer Infektion mit dem Hepatitis C Virus (HCV) ist die Bestimmung des Genotyps (GT) von großer Bedeutung für die Art und Dauer der Behandlung. Die am weitesten verbreitete und eingesetzte Methode den HCV Geno- und Subtyp zu bestimmen, ist die Verwendung des reversen Hybridisierungsassays INNO-LiPA. Die Reliabilität dieses Tests bei der Analyse von HCV Genotyp 4 Proben, der eine zunehmende Verbreitung in Mitteleuropa aufweist, soll in diesem Projekt untersucht werden.

Methode: Aus dem Serum von 33 HCV-positiven Patienten mit HCV Genotyp 4 Infektion, wurde die virale RNA isoliert. Nach der cDNA-Synthese erfolgte die Amplifikation eines Teilbereiches des HCV NS5B-Gens mittels nested-PCR. Dieser ˜330bp große Bereich wurde anschließend sequenziert. Die Sequenzen wurden über die BLAST Funktion der HCV sequence database und NCBI nucleotide BLAST zur Ermittlung des HCV Geno- und Subtyps ausgewertet.

Ergebnis: Bei allen 33 Serum-Proben erfolgte eine Genotypisierung mit dem INNO-LiPA Assay. Hier konnten 15 Proben subtypisiert werden (4a; 4e; 4f; 4h; 4a, b, c; 4a, c, d), während 18-mal nur ein Genotyp 4 festgestellt wurde. Im Gegensatz dazu konnten alle Proben anhand der Sequenzdaten subtypisiert werden. Der Vergleich der Ergebnisse der INNO-LiPA Messung und der NS5B Sequenzierung zeigte lediglich in 4 Fällen eine vollständige Übereinstimmung (INNO-LiPA GT 4a, b, c bzw. 4a, c, d – Sequenzierung GT 4a). Bei 9 Proben fanden sich unterschiedliche GT4-Subtypen und bei zwei Proben sogar unterschiedliche Genotypen (GT4f – GT2a; GT4h – GT1a).

Schlussfolgerung: Die Analyse der NS5B Sequenzdaten zeigt im Vergleich deutliche Schwächen des INNO-LiPA Assays bei der Subtypisierung von HCV Genotyp 4 Proben auf. Bei 69,7% der Proben konnte gar kein oder kein eindeutiger Subtyp bestimmt werden, während die Sequenzanalyse in 93,9% der Fälle zur Zuordnung der korrekten Subtypen führte.