Die Prognose eines Medulloblastoms hängt u.a. vom genetischen Subtyp des Tumors ab. Den besten Outcome haben Tumore mit der Wingless-Mutation (WNT), während Medulloblastome der Gruppe 3 häufig metastasieren und mit einer schlechten Prognose einhergehen. Doch molekulargenetische Untersuchungen sind zum Teil sehr teuer und außerhalb von großen Krebszentren nicht immer verfügbar.
